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Sat, 31 Jul 2010 16:06:19 +0200

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Les données naturalistes

Notion d'entité spatiale écologique (ESE)

Les informations naturalistes stockées dans ce système d'information sont des données spatiales, nommées “entités spatiales écologiques” (ESE).

Ces ESE sont constituées de 3 composantes indissociables :

une nécessaire à l'identification de l'information,
une composante thématique (la donnée naturaliste),
une composante spatiale (un point, une ligne ou un polygone).

Les données naturalistes que nous gérons dans ce SI sont des données géographiques de type point, ligne ou polygone. Une ESE (table “entite_spatiale_ecologique”) est identifiée dans la base de données par un numéro unique (attributs pk “id_entite”). L'observation peut être datée de manière précise (attr. “date_obs”), grâce à intervalle de dates (attr. “debut_periode_observation” et “fin_periode_observation”) ou à l'aide d'un champ texte (attr. “date_textuelle”). Pour les observations qui seraient datées de manière moins précise, l'attribut “date_textuelle” permet de renseigner cette information (par exemple “printemps 2002”). Il est important que dans les formes textuelle, la chaine de caractère définissant la date soit terminée par les 4 chiffres de l'année¹⁾

La précision de l'information est renseignée grâce à l'attribut “precision” qui peut prendre différentes valeurs :

0-10 mètres
10-50 mètres
50-500 mètres
lieu-dit : donnée localisée au lieu-dit
commune : donnée localisée à la commune

Le protocole selon lequel a été produite l'information est mentionné (s'il existe) avec l'attribut “id_protocole” référençant la table protocole. Enfin, une remarque peut accompagner l'information (attr. “remarque”).

Propriété des données, auteurs de l'information, traçabilité

Les données stockées dans le SI sont référencées, le ou les auteurs sont mentionnés pour chaque donnée stockée, qu'il s'agisse de personnes physiques ou d'une structure.

Les tables “personne_est_auteur_donnee” et “structure_est_auteur_donnee” lient chaque donnée naturaliste (ESE) à leur(s) auteur(s) (attr. pk fk “ese_id_entite” et “auteur_id_personne”/“auteur_id_structure”). Quand les auteurs sont plusieurs et s'il s'agit de personnes, il est possible de les classer par ordre de citation. Ceci peut être intéressant par exemple si une ESE décrit par exemple la présence de l'Aigle de Bonelli au cours des années 1998 à 2002 sur un site donné. Il est probable que plusieurs personnes soient à l'origine de l'observation, mais qu'une personne en particulier ait réalisé 50% des observations à elle seule. Il est donc possible d'associer à cette personne la valeur 1 pour le champ “ordre”. Le principe est le même pour les structures, plusieurs peuvent être auteur d'une donnée, selon un certain ordre.

Ces tables permettent d'assurer le respect de la paternité de la donnée (personnes ou structures).

Nature et thématique des données

Selon les cas, une ESE va être soit :

un point (station de plante, station d'amphibien, habitat);
une ligne dans le cas d'une rivière, d'une population de poissons d'eau douce…;
un polygone pour une population de bruant ortolan, l'étendue d'une espèce végétale, un habitat.

3 thématiques sont possibles (faune, flore ou habitats), ainsi les ESE pourront “prendre 9 formes” possibles :

table point_faune
table point_flore
table point_habitat
table ligne_faune
table ligne_flore
table ligne_habitat
table perimetre_faune
table perimetre_flore
table perimetre_habitat

Les informations à renseigner varient selon le type d'ESE, et selon leur sujet :

le taxon ou l'habitat (complexe) concerné selon que l'on s'intéresse aux espèces ou aux habitats naturels
les abondances minimum et maximum
le type d'abondance (attr. “type_abondance”, ex : nombre de couples, nombre de mâles chanteurs, densités…);
le début de la période d'observation
la fin de la période d'observation
les coordonnées x et y si l'ESE est un point, ainsi que le système de coordonnées utilisé

Dans le cas des ESE surfaciques relatives aux habitats naturels, on mentionnera la nature de l'observation, un commentaire relatif à cette nature, le type d'unité de végétation et un commentaire relatif à ce type d'unité de végétation (table “perimetre_habitat” et attr. “nature_observation”, “commentaire_nature”, “type_unite_vegetation” et “commentaire_type”).

Plusieurs habitats sont possibles au sein d'une même ESE “surfacique” ou “linéaire” (tables “perimetre_habitat_concerne_habitat” et “ligne_habitat_concerne_habitat”, attr. pk “ese_id_entite”, “code_corine” et attr. “recouvrement”). Dans le cas d'un donnée surfacique, la surface relative et le recouvrement de l'habitat sont renseignés (attr. “surface_relative” et “recouvrement”).

Les facteurs d'évolution d'un habitat naturel au sein d'une ESE sont renseignés, classés et commentés dans la table “facteur_evolution_habitat” grâce aux attributs pk fk “ese_id_entite”, “habitat_code_habitat” et “id_elt”, ainsi que “ordre” et “descritpion”.

Référentiels taxonomiques

Les ESE concernant les espèces animales et végétales sont liées aux tables contenant les référentiels taxonomiques de l'INPN (Inventaire National du Patrimoine Naturel) (tables “referentiel_taxon_vegetal” et “referentiel_taxon_animal”) par l'attribut fk “id_taxon”. Les synonymes sont nombreux, c'est pourquoi les taxons sont liés à un taxon de référence (attr. “id_taxon_ref”). L'organisation du référentiel est hiérarchique. Les taxons de bas niveau sont contenus dans des taxons de niveau supérieur (sous-espèce, espèces, genre…). L'attribut “id_taxon_parent” attribue au taxon courant son taxon parent.

Les ESE concernant les habitats naturels sont liées à la table habitat contenant les référentiels utilisés pour les habitats naturels (corine biotope…). L'INPN a récemment mis en ligne les référentiels habitat, leur transcription en SQL pour une intégartion facile à la base de données est en cours : Intégration des référentiels de l'INPN

Validation des données

Le nom de la personne ou de l'organisme compétent qui a validé une donnée (ESE) est renseigné grâce au attributs “validation_id_personne” et “validation_id_structure” de la table “entite_spatiale_ecologique”.

Les tables “protection”, “taxon_animal_est_protege”, et “taxon_vegetal_est_protege” permettent de renseigner pour l'ensemble des taxons les statuts de protection qui le concerne (à détailler).

Les tables et fonctions nécessaires à l'interface de saisie

Table de saisie d'observations

Création de 3 tables : saisie_observation
Ventilation selon le type de géométrie et le regne

tables_de_saisie.sql

DROP TABLE saisie_observation;
 
CREATE TABLE saisie_observation
(
  gid serial NOT NULL,
  id_entite bigint,
  date_obs date,
  date_debut_obs date,
  date_fin_obs date,
  date_textuelle character varying(30),
  regne character varying,
  nom_vernaculaire character varying(50),
  nom_scientifique character varying(150),
  id_taxon character varying(10),
  referentiel_taxonomique character varying(150),
  effectif character varying(10),
  effectif_min bigint,
  effectif_max bigint,
  type_effectif character varying(30),
  phenologie character varying(50),
  "precision" character varying(30),
  id_waypoint integer,
  longitude double precision,
  latitude double precision,
  elevation double precision,
  systeme_coordonnees character varying(20),
  unite character varying(20),
  lieu_dit character varying(100),
  observateur character varying(35),
  numerisateur character varying(35),
  validateur character varying(35),
  structure character varying(20),
  remarque character varying(254),
  id_element_paysage integer,
  date_ventilation date,
  geometrie geometry,
  id_lot_donnee integer,
  CONSTRAINT saisie_faune_pkey PRIMARY KEY (gid),
  CONSTRAINT enforce_dims_geometrie CHECK (st_ndims(geometrie) = 2),
  CONSTRAINT enforce_srid_geometrie CHECK (st_srid(geometrie) = 4326)
)
WITH (
  OIDS=TRUE
);
ALTER TABLE saisie_observation OWNER TO dba;
GRANT ALL ON TABLE saisie_observation TO dba;
COMMENT ON TABLE saisie_observation IS 'Table intermédiaire entre les données extérieures au SI et les tables de la base de données.
Les données insérées dans cette table sont ventilées après vérification dans les tables "entite_spatiale_ecologique", "{point|ligne|polygone}_{faune|flore}", "personne_est_auteur_donnee", "structure_est_auteur_donnee" et "structure_a_rendu_ese".
Il manque la référence possible à une photo, un échantillon...';
 
CREATE OR REPLACE VIEW saisie_faune_point AS SELECT * FROM saisie_faune WHERE regne IN ('Animalia') AND lower(geometrytype(geometrie)) LIKE '%point';
CREATE OR REPLACE VIEW saisie_faune_ligne AS SELECT * FROM saisie_faune WHERE regne IN ('Animalia') AND lower(geometrytype(geometrie)) LIKE '%line';
CREATE OR REPLACE VIEW saisie_faune_polygone AS SELECT * FROM saisie_faune WHERE regne IN ('Animalia') AND lower(geometrytype(geometrie)) LIKE '%polygon';
CREATE OR REPLACE VIEW saisie_flore_point AS SELECT * FROM saisie_flore WHERE regne IN ('Fungi','Plantae') AND lower(geometrytype(geometrie)) LIKE '%point';
CREATE OR REPLACE VIEW saisie_flore_ligne AS SELECT * FROM saisie_flore WHERE regne IN ('Fungi','Plantae') AND lower(geometrytype(geometrie)) LIKE '%line';
CREATE OR REPLACE VIEW saisie_flore_polygone AS SELECT * FROM saisie_flore WHERE regne IN ('Fungi','Plantae') AND lower(geometrytype(geometrie)) LIKE '%polygon';