Connaitre le code européen d'un taxon

Merci à tous de partager les améliorations que vous apporteriez sur cette fonction

Création de la fonction dans le schéma "outils"

CREATE OR REPLACE FUNCTION outils.eu_nomen_taxa_code("scientific_name" text)
  RETURNS text AS
$BODY$
import urllib2;
import httplib;
FROM urllib import urlencode
FROM urllib2 import Request, urlopen
 
# définition de l'URL du service
url = 'http://www.eu-nomen.eu/portal/soap.php'
 
# les données SOAP à poster au service
postdata='<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="yes"?><soap:Envelope  xmlns:soap="http://schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/" soap:encodingStyle="http://www.w3.org/2001/12/soap-encoding"><soap:Header/><soap:Body><getGUID xmlns="http://PESI/v0.1"><scientificname>'+scientific_name+'</scientificname></getGUID><soap:Fault/></soap:Body></soap:Envelope>'
 
# l'entête
headers = {'Content-Type': 'application/soap+xml; charset=utf-8','Content-Type': 'text/xml; charset=utf-8','Content-Length': str(len(postdata))}
req = Request(url, postdata, headers)
reponse = urlopen(req)
text = reponse.READ()
 
rv = plpy.execute("SELECT ((xpath('//SOAP-ENV:Envelope/SOAP-ENV:Body/ns1:getGUIDResponse/return/text()', '"+text+"'::xml, ARRAY[ARRAY['SOAP-ENV','http://schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/'],ARRAY['SOAP-ENC','http://schemas.xmlsoap.org/soap/encoding/'],ARRAY['xsd','http://www.w3.org/2001/XMLSchema'],ARRAY['xsi','http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance'],ARRAY['ns1','http://PESI/v0.1']]))[1])::text AS code_taxon")
eu_nomen_code = rv[0]['code_taxon']
RETURN eu_nomen_code
 
RETURN text
$BODY$
  LANGUAGE plpythonu VOLATILE
  COST 100;
ALTER FUNCTION outils.eu_nomen_taxa_code("scientific_name" text) OWNER TO dba;
COMMENT ON FUNCTION outils.eu_nomen_taxa_code("scientific_name" text) IS 'Retourne le code européen d''un taxon dont le nom d''espèce (sans auteur est passé en paramètre).
Un grand merci à Dorian pour son micro cours sur SOAP!'

Utilisation

SELECT outils.eu_nomen_taxa_code('passer domestcus')

Retourne : urn:lsid:faunaeur.org:taxname:97437

creation_bdd/fonctions/code_taxon_europeen.txt · Dernière modification: 2011/09/08 16:26 par admin_wiki_sicen
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